Si deseas dar de baja un comprobante electrónico que no han sido entregadas o enviadas a sus clientes, pueden ser dadas de baja o anuladas a través de una comunicación a la SUNAT, siempre que previamente hayan sido informadas a SUNAT.
El plazo para comunicar de baja o anular un comprobante de pago electrónico es de 7 días, contados desde el día que emites el comprobante. Si no cumples ese plazo, tendrás que generar una Nota de Crédito.
Busca la opción Comunicación de Baja (Anulación), "Ingresos > listado > elige el comprobante que deseas comunicar y envíala a la SUNAT.